本詞具有多種含意，約略可分為兩類。 一類認為竅在身中有具體部位所指，為內丹家最為玄要之關竅，所謂"玄竅開時竅竅開。 "而其部位所在，又有炁穴"祖竅"、中丹田、上丹田、下丹田、位置不定等諸説。 另一類認識以元神或煉養時虛極靜篤、元神顯露、元炁元精亦隨其發動之機的景像立論。 《真詮》引張伯端："蓋虛極靜篤，無復我身，但覺杳杳冥冥，與天地合一，而神氣醖釀於中，乃修煉之最妙處，故謂之玄關一竅。 "玄關一竅是宋元以來內丹諸家所強調的一大秘要，其説亦頗玄奧。 玄關一竅，氣功內丹術術語。 又稱玄關、玄竅。 於《真詮》之中有記載。
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